יוסי אלפר שירת במוסד וניהל את "מרכז יפה למחקרים אסטרטגיים" באוניברסיטת תל אביב. אלפר שימש כיועץ מיוחד לראש ממשלת ישראל וניהל במשך שנים את אתר הדיאלוג "bitterlemons.net". ב-2001 הוא פרסם את הספר "וגר זאב עם זאב: המתנחלים והפלסטינים", על המפגשים ההיסטוריים שכינס בין ראשי גוש אמונים לראשי אש"ף.