אפרים הלוי, לשעבר ראש המוסד, משמש כיום כמנהל המרכז ללימודים אסטרטגיים ומדיניים באוניברסיטה העברית בירושלים. נוסף על שירותו רב השנים במוסד, שימש הלוי כשגריר ישראל לאיחוד האירופי בשנים 1998-1996. בשנים 2002-2003 כיהן כראש המועצה לביטחון לאומי ויועץ לביטחון לאומי לראש הממשלה אריאל שרון.